본 발명은 전자빔이나 자기장을 이용한 고분해능 분석장치를 외부의 자기장으로부터 차단(차폐; shielding)하기 위한 자기차폐장치 및 이를 이용한 자기차폐방법에 관한 것이다. 보다 상세하게는 차폐를 위한 공간의 외면에 x, y, z 축에 수직으로 각각 하나 또는 둘 이상씩 설치된 상쇄코일; 자기장을 최소화하고자 하는 위치(예: 전자현미경의 컬럼 중심축상)에 설치된 하나의 감쇄확인용 자기센서; 상기 감쇄확인용 자기센서를 중심으로 대칭되는 위치에 배치된 2~4쌍 즉, 4~8개의 외부자기센서; 및 상기 외부자기센서로부터 입력된 자기장값을 소정의 연산처리하고, 외부 자기변동을 상쇄하는 전류를 상기 상쇄코일에 가하여 상쇄코일을 제어하며, 상기 감쇄확인용 자기센서로부터 그 위치의 자기장 신호를 입력받는 제어기;를 포함하는 이중센서 자기차폐장치 및 이를 이용한 자기 차폐방법에 관한 것이다.